Anadolu'nun en eski yerleşim yerlerinden biridir. Sistemli arkeolojik kazılar İngiliz John Garstang başkanlığında 1936-1937 yıllarında yapılmıştır. II. Dünya Savaşı'nın başlaması nedeniyle ara verilen kazılar 1946'da yeniden başlanıp 1947'de sonuçlanmıştır. 1992 yılında İstanbul Üniversitesi ve Roma Üniversitesi işbirliği ile hazırlanan "Yumuktepe Arkeolojik Kazısı" 1993 yılında uygulanmaya başlanmıştır. Yaklaşık 15 yıl sürecek kazı çalışmaları yaz aylarında sürdürülmektedir.
Yumuktepe'de ilk yerleşme Neolitik dönemde başlamış ve kesintisiz olarak kalkolitik, Tunç, Hitit, Bizans ve İslami devirlerde de devam etmiştir. 33-25 katmanlar Neolitik döneme aittir. Bu dönemde taş temelli evler, yün eğirmeye yarayan kirmenler, bakır oltalar, obsidyen ve akmak taşından yapılmış araçlar, taş mühür, ok uçları, dokumacılıkta kullanılan ağırsak, çanak, çömlekler bulunmuştur. 29-13 katmanlar ise Kalkolitik dönemi kapsar. Yapı tipleri taş temelli evler ile yuvarlak temelli silolardır. Son Kalkolitik dönemde savunma duvarlarıyla çevrili köy tipi yerleşime geçilmiştir. Askerlerin oturduğu sura bitişik evlerde fırın, yerel kaplar, temellerin altında seramik ve özel eşyalı mezarlar vardır. Orta Tunç çağı ise 12-9. katmanları kapsar ve İÖ 2000-1500'e tarihlenir. Bıçak, mızrak, mühür, kadın heykelciği, ayaklı kadeh ve gaga ağızlı testicikler bulunmuştur. Hitit dönemi ise 7-5. Katmanlar arasında ve İÖ 1500-1200'e tarihlenir. Sur duvarları testere biçimindedir. Evler Sokaklar vardır. En üst katlar Grik, Bizans ve İslami dönemi kapsar. Grek katmanında Kıbrıs tipi seramik Bizans ve İslami katmanda ise sırlı seramik bulunmuştur.
Höyüğün 2.5 m. derinliğinde bulunan bir kale harabesi Boğazköy'de bulunan kale harabesinin küçük bir örneği olup, Poligonal tarzda inşa edilmiştir.

Kent merkezindeki Kültür Merkezi'nin doğu cephesindedir. Arkeolojik ve etnografik eserler üç ayrı salonda teşhir edilmektedir. Taş eserlerin sergilendiği birinci salonda; Roma dönemine ait mermer insan başları, heykel ve steller ile anforalar yer almaktadır. Pişmiş kilden (Terracota) yapılmış terliksi formdaki mezarlar, Pompeipolis antik kentinde bulunmuştur. İkinci salonda; Anadolu'nun en eski yerleşim merkezlerinden Yumuktepe ve Gözlükule kazılarından çıkarılan Yeni Taş, Bakır Taş ve Eski Tunç dönemlerine ait eserler sergilenmektedir. Bunlar iki kulplu kaplar, ikili, üçlü, dörtlü sepet kulplu fincan şekilli kaplar, gaga ağızlı testiler ve çeşitli boyalı kaplardır. Ayrıca Eski Tunç, Urartu, Helenestik, Roma ve Bizans dönemlerine ait çeşitli çanak, çömlek, cam ve bronz eserler, bronz, gümüş ve altın sikkeler bu salonda sergilenmektedir. İ.Ö. ikinci bine ait kurşun figür, Hitit İmparatorluk dönemine ait mühürler dikkat çeken eserlerdir. Hayvan başlı gümüş, Urartu bilezikleri ve çeşitli dizi boncuklar, klasik ve Helenestik Çağ'a ait Lechyos, Kylix ve Sigilatalar ile Roma dönemine ait çeşitli form ve büyüklükteki cam eserler, altın diadem ve küpeler sergilenmektedir. Etnoğrafik eserlerin bulunduğu üst kattaki üçüncü salonda; gümüş süs eşyaları, tesbihler, işlemeli kadın elbiseleri, peşkirler, ağaç ve bakır eşyalar, kilimler, nazarlıklar ile tabanca, kama ve barutluklar yer almaktadır.